方剑就开始变多了，三大征时的文官主帅几乎全都被赐了尚方剑。如平杨应龙时的总督李化龙、朝鲜经略邢玠等都在其中。当然万历末年获赐尚方剑的大臣中最出名的大概是杨镐，由于这事过于出名，应该不必赘述。
不过万历朝赐尚方剑好歹都是真碰上了大事，要打大仗，需要调动多方兵马于一人麾下，因此赐尚方剑倒也好理解。然而事情发展到明末就有些不对劲了，尤其是圣天子崇祯帝，赐剑搞得跟赐大白菜似的，终于导致了一个直到后世都争论不休的事，便是袁崇焕杀毛文龙。
其实袁崇焕杀毛文龙这件事，本质上就是“尚方剑权限”的界定问题。换句话说，就是袁崇焕手里的尚方剑到底能不能杀毛文龙——问题不在于杀得对不对，而是能不能。
正是由于尚方剑的特权没有明文规定，因此事实上每一把下赐的尚方剑权力都不一定相同，具体要看皇帝圣旨中是怎么说的。
在袁崇焕杀毛文龙之前，能够看到记载的尚方剑特权大致区别不大。万历末年杨镐的尚方剑，一开始是有人为杨镐申请赐剑，当时官方记载的是“总兵以下不用命者得以军法从事”，不过皇帝对这次申请虽然批准，但后来赐予尚方宝剑时的授权说明则改为“将帅以下有不用命者先斩后奏”。
虽然前提都是“有不用命者”，但是范围从“总兵以下”改成了“将帅以下”，权利由“军法从事”改成了“先斩后奏”。杨镐的这一把尚方宝剑，在授予“先斩后奏”的权利，并指出“不用命者”这个前提时，还使用了好大一段文字，从当时的背景和君臣往复陈述来表明什么叫“不用命者”——事实上主要针对的是贪生怕死和做逃兵两类。
天启初年熊廷弼的尚方宝剑，官方记载的申请文字是“……甲辰上谕：阁臣请以经略尚书熊廷弼奉命专征，宜重事权，兼隆礼数，除专敕外加赐敕书一道，尚方剑一把，将士不用命者，副总兵而下先斩后奏”。
但是皇帝对这次申请批准后赐予尚方宝剑时的授权说明则改为“熊廷弼仍赐剑一口，将帅以下不用命者先斩后奏”。虽然前提依旧是“不用命者”这一点没有改变，但是授权范围则由申请时的“副总兵而下”改成了“将帅以下”。
袁应泰的那把，则多了一个可先斩后奏的前提。因为他是先向皇帝道过苦水，说人心散了队伍不好带。于是皇帝稍谕安慰，赐尚方宝剑说“将帅以下有违节制、不用命者先斩后奏”，依然包含“不用命”这个前提，但是多给了一个“有违节制”。
那么这里
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