黄河年年决口年年治理，运河淤堵不畅，自前年开封黄河决河完工后，遂自山东沿运河而南，抵达扬州一段淤堵严重，奏议高邮湖堤。其时御史孙衍、郎中吴瑞文董理南河事，亦奏：高邮州运河九十里，自州西北三里入新开湖道，湖凡五十里，湖东直南北为堤。洪武中障以土，正统中固以石，屡决屡修。其西北则与武安、张良、七里、珍珠、甓社诸湖相灌注，蒙回数百里。每风涛兴作，扶舟触堤石即坏，且多有溺死者，当于湖东开复河以避禁其险。白昴遂上其议，召工开凿。起杭家咀，历清水潭，抵丁志港，长达四十里，两岸壅土为堤，堤首尾置插，与湖相连。堤东又置四闸、四食洞。
这还没完，朱佑樘又命工部侍郎徐贯前往苏州府、湖州府经理水利。此时苏湖一带时发大水，淹没良田。徐贯与工部主事祝萃役民夫二十余万，修浚河泾、港渎、湖塘、斗门、堤岸一百三十五处，使水入江或入海，东南水患少息。
说了这么多的修筑水利，可见当前的内阁这几位大佬还真想为天下做点实事的，而不是朱佑樘想要去做的，所以说弘治年也是中兴之年，离不开有了一届能力非常强的好内阁。
除了大力治理水利外，这一年作为兵部尚书的马文升上言军屯事宜，兵部尚书马文升应诏上言九事。其一为清屯田以足兵食。奏言：军士月粮出于屯田，洪武时每军有分屯田百亩者，有三五十亩者，屯军既不支粮，又纳余粮六石，所以仓有余积。以后军士数少，征戌日增，屯军俱出外应役，屯地多为势家侵占，或被军士盗卖，征粮之数不过十之三。另外，亲王初封俱有三护卫，中间有改调二卫者，有三卫全调者，所遗屯田当时失于考查，俱被五府及势家占种，乞差官于至各布政司及南北直隶会本处三司屯田家逐一清查，其卫所已无屯军者，让百姓承种，照例纳粮以给军士，使军士困苦得以少苏。七月，户部覆议其所言，请移文天下巡抚巡按会同屯田官查实，被占种或被盗卖者清出还官。
后兵部上报说：自正统、景泰年间，曾召募丁壮训练，以备战事，但未定佥法。礼科给事中孙鼐之奏定佥民壮法，今州县七八百里以上里佥二人，五百里以上里三人，三百里以上里四人，百里以下里五人，俱于丁众粮多之家选年力强者，加以训练，遇有调拨给粮以行。富民不愿者，纳银于官，官府如募。还要增筑各边墩台，近来各边多次被鞑靼所掠，损失惨重，究其原因，在于各边墩台相距太远，烽火不能相接以及守边将士懈怠所致。乞令务边镇巡等官相视地形，修理墩台，每十里或七、八里为一大
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