他们绝大部分是建文帝的拥护者，如果不处置，就意味着明成祖师出无名，对新政权的合法性无疑会构成威胁。因此有些开国功臣家族成员遭到了杀戮:
( 燕) 王即帝位，( 梅) 殷尚拥兵淮上，帝迫公主啮血为书役殷。殷得书恸哭，乃还京……明年( 永乐三年) 冬十月殷入朝，前军都督佥事谭深、锦衣卫指挥赵曦挤殷笪桥下，溺死，以殷自投水闻。都督同知许成发其事。帝怒，命法司治深、曦罪，斩之，籍其家……寻官殷二子，顺昌为中府都督同知，景福为旗手卫指挥使。
此外，德庆侯廖永忠之孙廖镛“建文时与议兵事，宿卫殿廷。与弟铭皆尝受学于方孝孺。孝孺死，镛、铭收其遗骸，葬聚宝门外山上。甫毕，亦见收，论死。弟钺及从父指挥佥事升俱戍边。”“镛母，东瓯王长女也，并铭女送浣衣局。”德庆侯家族以及与之联姻的东瓯王家族都遭到了牵连。
不过，即便是杀戮，明成祖也不能理直气壮。处死梅殷，既不敢罗织罪名，也不敢公开处决，只能采用暗杀的办法，最后还不得不厚待梅殷的后代。而德庆侯和东瓯王家族，不得不借用方孝孺案株连方可实现。
这种情况与开国功臣家族的特殊地位密切相关。他们代表的是明太祖的权威，如果采取彻底消灭的办法，就意味着与明太祖连续性的切割。在宗法制度占统治地位的传统社会，非常不利于新政权合法性的确立。在处置刘璟时，明成祖的这一心理暴露无遗: “( 刘璟) 下狱，自经死。法官希旨，缘坐其家。成祖以基故，不许。”
虽然刘基的死与明太祖脱不开干系，但是他毕竟是明太祖加封的诚意伯，而且死后的地位并没有被否定，甚至子孙都还在做官，并受到明太祖的夸奖。况且刘璟的言行，从维护明太祖权威的角度来看，完全没错。所以说，刘基在这里已经不再代表其本身，而是代表明太祖的权威，刘璟家族得以幸免也缘于此。
一味地压迫并不能解决问题，这迫使明成祖思考新的办法，开始对开国功臣家族予以抚慰:
享太庙毕，遣官祭功臣于鸡鸣山庙。先是礼部侍郎宋礼言:“功臣自有庙，请罢太庙配享，但于本庙祭之。”上曰:“先帝所定配享不可罢。”又曰: “此皆佐命开国之臣，既自有庙，俟太庙享毕，亦别遣官即其庙祭之，于义可也。”著为令①。
上谕礼部臣曰; “公侯年老者，皆历事皇考，多效劳勤。今筋力既衰，日与群臣并入朝参观。其步趋之艰，朕所不忍。自今令朝朔望，其见任事者，不
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